本作作为一款解谜游戏通过将相同的口袋妖怪组合在一起就可以消除，然后对敌人进行攻击。 和本篇系列一样，口袋妖怪都有各自的属性，而属性也有各自的相性。 不断使用同一个口袋妖怪也会提升其等级，造成更多伤害。 除此之外，《口袋妖怪》系列最大的特色收集和育成也是必不可少的。 本作在三消的玩法上限定的是移动次数而不是时间，玩家要在限定的回合内击败野生的小精灵。 在战斗结束后就会进入抓捕模式，花 3500 金可以得到大师球 大师球的抓捕成功概率是 100% ，所以遇到总是无法抓捕的小精灵，玩家不妨试试大师球吧！